햐쿠타케 혜성은 일본 남부에 거주하는 아마추어 천문학자 햐쿠타케 유지가 1996년 1월 31일에 발견하였다.
햐쿠타케 유지는 도시 불빛을 피해 가고시마현에서 혜성을 찾던 중이었으며,
장비로는 대물렌즈 150 mm의 쌍안경을 이용하였다.
발견일 아침, 햐쿠타케는 일본 국립천문대에 혜성의 발견을 보고하였다.
이 혜성은 정확히는 "햐쿠타케 2 혜성"인데,
이는 햐쿠타케 유지가 이 혜성을 발견하게 된 계기와 관련이 있다.
발견일로부터 몇 주 전, 햐쿠타케는 햐쿠타케 혜성(C/1995 Y1)을 발견하였고,
2번째 햐쿠타케 혜성은 햐쿠타케 유지가 자신이 발견한 첫 번째 혜성 주변을 관찰하다가 거의 비슷한 지점에서 발견한 것이다.
햐쿠타케 혜성 발견 직후 혜성의 겉보기등급은 11.0이었고, 코마는 2.5 각분만큼 퍼져 있었으며, 태양으로부터 2 AU만큼 떨어져 있었다.
또한 혜성 발견 전인 1월 1일에 찍힌 사진에 혜성이 찍혀 있었었다는 것이 나중에 발견되었으며,
이 사진에서 혜성과의 거리는 2.4 AU였고 겉보기등급은 13.3이었었다.